یکی از مشکلات جدی حال حاضر شرکت‌های دانش‌بنیان جدایی ناگهانی بخشی از نیروهای متخصص و تحصیل‌کرده برای انجام خدمت مقدس سربازی است، به‌طوری‌که این اتفاق گاهی کاهش فعالیت و حتی تعطیلی این شرکت‌ها را به دنبال داشته است.
معضلی که البته معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری در طول سال‌های گذشته با همکاری بنیاد ملی نخبگان درصدد رفع آن برآمد و با تلاش‌های صورت گرفته شرایط انجام خدمت وظیفه‌ی تخصصی برای افراد تحت پوشش بنیاد ملی نخبگان (هم‌چون برگزیدگان المپیادها، برگزیدگان کنکور) تا حدودی تسهیل شد.
به‌طوری‌که این افراد بعد از گذراندن دوره‌ی آموزش سربازی، الزام به حضور تمام‌وقت در پادگان‌ها و مراکز نظامی نداشته اند و گاهی با اجرای موفق یک پروژه‌ی تحقیقاتی مورد نیاز دستگاه‌های دفاعی و دولتی، کارت پایان خدمت خود را اخذ کرده اند و حتی افراد مشمول خدمت سربازی با شرایط سهل می‌توانند برای شرکت در همایش‌های علمی به خارج از کشور سفر کنند.
لزوم دارا بودن اظهارنامه‌ی مالیاتی توسط شرکت‌های متقاضی شرط استفاده از تسهیلات
سید محمد صاحب‌کار خراسانی رئیس مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی پیش از این در بهمن‌ماه ۱۳۹۶ اعلام کرده بود که شرکت‌های فعال در حوزه‌ی فناوری ازجمله شرکت‌های دانش‌بنیان مورد تایید کارگروه ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان که اسامی آن‌ها در صفحه اول سامانه‌ی دانش‌بنیان قرار دارد در کنار شرکت‌های مستقر در مراکز رشد و پارک‌های علم و فناوری، شرکت‌های خلاق و شرکت‌های معرفی‌شده از سوی نهادهای توسعه‌ی فناوری و نوآوری و مورد تایید مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان می‌توانند کارشناسان برتر خود را برای استفاده از این تسهیلات معرفی کنند.
او تاکید کرده بود که شرکت‌های متقاضی بایستی دارای اظهارنامه‌ی مالیاتی باشند و کالاها و خدمات دانش‌بنیان خود را بر اساس اطلاعات اظهارنامه‌ی مالیاتی به فروش رسانده باشند.
شرایط افراد متقاضی نیز طبق اظهارات صاحب‌کار، کسب حد نصاب امتیازات علمی و فناوران از سوی افراد معرفی‌شده و این‌که این افراد باید دانش‌آموخته در مقاطع کارشناسی، کارشناسی‌ارشد یا دکترای تخصصی باشند و بیش از سه سال از تاریخ دانش‌آموختگی آن‌ها نگذشته باشد. البته دانشجویان دورۀ دکترای تخصصی که از پیشنهاد رساله‌ی دکتری خود با موفقیت دفاع کرده باشند، نیز مشمول مزایای این طرح بودند.
به گفته‌ی او هرکدام از شرکت‌های دانش‌بنیان که دارای فروش مندرج در اظهارنامه‌ی مالیاتی باشد، می‌توانند به‌صورت الکترونیکی و از طریق این آدرس یک نفر را به‌عنوان سهمیه‌ی خود معرفی کنند و به ازای هر ۳۰۰ میلیون تومان فروش مندرج در اظهارنامه‌ی مالیاتی و یا هر پنج نفر نیروی انسانی شاغل بیمه‌شده، می‌توانند یک نفر دیگر را به‌عنوان سهمیه خود معرفی کنند. لذا یک شرکت با فروش بیش از (۳۰۰) میلیون تومان، می‌تواند ۲ نفر را به‌عنوان سهمیه خود معرفی کند.
اما محدودیت‌های سهمیه‌ای و ضرورت استفاده‌ی بهینه از نیروهای خلاق و نخبه‌ی فعال در حوزه‌ی دانش‌بنیان کشور، معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری را بر آن داشته است که به دنبال ایجاد شرایط مطلوب‌تری برای انجام خدمت سربازی نخبگان فعال در این حوزه باشد.
معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری با اخذ مجوز از دفتر رهبر معظم انقلاب، مذاکراتی را با ستاد کل نیروهای مسلح آغاز کرد به‌طوری که پس از امضاء تفاهم‌نامه‌ای بین سورنا ستاری و سرلشکر محمدحسین باقری فرمانده‌ی ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی در دی‌ماه سال ۱۳۹۶ قرار شد که سهمیه‌ی دوهزارنفری استفاده از نخبگان در قالب پروژه‌های دفاعی افزایش‌یافته و به پروژه‌های غیر دفاعی نیز تسری یابد و معاونت علمی پس‌ازآن شیوه‌نامه‌ای را با همکاری بنیاد ملی نخبگان تحت عنوان «دانش آموختگان برتر فناور» برای نحوه‌ی گذران سربازی این افراد تهیه کرد.
شیوه‌نامه‌ای که به گفته‌ی علیرضا دلیری معاون توسعه‌ی مدیریت و جذب سرمایه‌ی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری تنظیم دقیق آن با رایزنی با شرکت‌های دانش‌بنیان مراحل نهایی خود را می‌گذراند و به‌زودی اجرایی خواهد شد.
او روز دوشنبه اظهار کرد:طبق توافق معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری با ستاد کل نیروهای مسلح یک سهمیه‌ی مشخص امریه‌ی خدمت مقدس سربازی در اختیار این معاونت قرارگرفته است.
دلیری افزود: کارشناسان برتر و ذی‌صلاح فعال تمام‌وقت که دارای شش ماه سابقه‌ی کار با پرداخت حق بیمه در شرکت‌های دانش‌بنیان مورد تایید کارگروه ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان باشند می‌توانند پس از ثبت‌نام و اخذ امریه‌ی سربازی پس از گذراندن دوره‌ی آموزشی، باقیمانده‌ی دوران خدمت خود را در شرکت دانش‌بنیان متقاضی سپری کنند.
معاون توسعه‌ی مدیریت و جذب سرمایه‌ی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری با بیان این‌که این سهمیه شامل کسب‌وکارهای نو (استارت‌آپ‌های دانش‌بنیان) نیز می‌شود، تاکیدکرد: از این پس متخصصان و کارشناسان دارای توان فکری و عملی در حوزه‌ی دانش‌بنیان برای گذراندن دوره‌ی سربازی به پادگان‌ها نمی‌روند و در حیطه‌ی تخصصی خود در شرکت‌های دانش‌بنیان فعالیت خواهند کرد.
او با تاکید بر این‌که اختصاص مجوز امریه‌ی خدمت سربازی برای استفاده‌ی شرکت‌های دانش‌بنیان درواقع نخستین مجوز امریه برای استفاده در بخش خصوصی محسوب می‌شود، گفت: این امریه هم‌چون امریه‌ی سایر دستگاه‌های دولتی است و سپری کردن دوره آموزشی برای فعالان حوزه‌ی دانش‌بنیان ضروری است.
