طبق توافقات صورت گرفته میان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و گمرک جمهوری اسلامی ایران، تمامی شرکت‌های دانش بنیان از پرداخت مالیات ۴ درصد علی‌الحساب بر واردات معاف می‌شوند.
با حمایت معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری تمام شرکت‌های دانش بنیان مورد تأیید کارگروه ارزیابی و تشخیص شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان می‌توانند در صورت ثبت‌نام و مراجعه در سامانه‌ی مدیریت کالا به نشانی WMS.IR از پرداخت ۴ درصد مالیات علی‌الحساب به واردات معاف شوند.
روند ثبت‌نام در این سامانه به این صورت است که شرکت‌ها می‌توانند با انتخاب گزینه‌ی ثبت‌نام تولیدی، در بخش اطلاعات پروانه، درصورتی که دارای پروانه‌ی بهره‌برداری از یکی از وزارت‌خانه‌های صنعت، جهاد کشاورزی و بهداشت نیستند، با انتخاب گزینه‌ی شرکت دانش بنیان و واردکردن شناسه‌ی ملی در بخش شماره‌ی پروانه اقدام به ثبت‌نام کنند و از پرداخت مالیات چهار درصد علی‌الحساب بر واردات معاف شوند.
برخی دیگر از تسهیلاتی که شرکت‌های دانش بنیان می‌توانند با ثبت‌نام در این سامانه از آن بهره‌مند شوند، شامل “تسهیل ورود کالا در مسیرهای سبز و امکان اظهار قبل از ورود”، “کیل مصرف و استرداد پروانه وارداتی”، “تسهیل انجام تشریفات گمرکی برای تولیدی‌های مستقر در مناطق آزاد و ویژه” هم‌چنین “تسهیل در جابه‌جایی کالا با صدور پته خروجی از انبار تولیدی جهت استعلام نیروهای انتظامی” است.
هم‌چنین “برقراری ارتباط مؤثر بین جامعه‌ی دانشگاهی و صنعتی در راستای کمک به نیازهای شرکت‌های تولیدی” و “بهبود فضای کسب و کار شرکت‌های تولیدی با بهره‌وری از زیرسامانه‌ی بازار به‌منظور معرفی کالای ایرانی به کشورهای دیگر” از دیگر تسهیلاتی است که تمام شرکت‌های دانش بنیان می‌توانند ذیل قرارداد ذکر شده از آن بهره‌مند شوند.
بر اساس اعلام معاونت علمی ریاست جمهوری، شرکت‌های دانش بنیان می‌توانند به‌منظور کسب اطلاعات بیشتر با شماره ۴۳۸۹۱ تماس بگیرند.
