صندوق نوآوری و شکوفایی یک مدل سرمایه گذاری جدید تحت عنوان «هم سرمایه گذاری با شتابدهنده ها» را به خدمات خود اضافه کرد. در این مدل صندوق نوآوری و شکوفایی، با شتابدهنده‌های دانش بنیان قرارداد مشارکت با عنوان هم سرمایه گذاری یا co-investment منعقد می‌کند. طی این قرارداد مبلغی به عنوان اعتبار به شتابدهنده تعلق می‌گیرد.
طی این فرایند صندوق بابت هر استارت آپی که از سوی شتابدهنده پذیرش می‌شود و به شرط سرمایه گذاری یک واحد پول از سوی آن شتابدهنده بر روی آن استارت آپ، دو واحد پول از اعتبار مذکور را نقداً در اختیار شتابدهنده قرار می‌دهد تا آن پول نیز به صورت حداقل ۷۰ درصد نقد یا حداکثر ۳۰ درصد غیرنقد به استارت آپ مذکور تزریق شود.
در این مدل شتابدهنده می‌تواند به صلاحدید خود استارتاپ ها و شرکت‌های نوپای حائز صلاحیت را پذیرش کرده و روی آنها سرمایه گذاری کند و صندوق نوآوری و شکوفایی در ارزیابی فنی یا مالی طرح‌ها (که می‌تواند شامل شرکت ثبت شده یا تیم استارت‌آپی باشد) ورود نمی‌کند و تزریق پول از سوی صندوق مبتنی بر آورده شتابدهنده خواهد بود و بر این اصل استوار است که از آنجایی که شتابدهنده خود منابعش را در آن استارت آپ درگیر کرده، پس در کنار پایش سرمایه خود، می‌تواند مراقب سرمایه تزریق شده از سوی صندوق نیز باشد و حداکثر تلاش خود را برای موفقیت استارت‌آپ بکار گیرد.
توضیح بیشتر در خصوص نحوه فعالیت شتابدهنده ها آنکه این مجموعه‌ها طی دوره‌هایی که برگزار می‌کنند تیم های مختلفی را به صلاحدید خود پذیرش می‌کنند و علاوه بر برپایی دوره‌های آموزشی، ارائه محل فعالیت، ارائه دسترسی به زیرساخت‌های لازم؛ مبالغی پول را نیز در اختیار استارت آپ ها قرار می‌دهند تا فعالیت خود را به پیش برده و نیازهای طرح را تأمین کنند، و در عوض در صورتی که آن استارت‌آپ به موفقیت‌های تعیین شده در دوره‌های تعریف شده دست یابد، به صورت شرکت ثبت شده (اگر قبلاً ثبت نشده باشد) بخشی از سهام آن استارت آپ به نام شتابدهنده ثبت می‌شود.
از آنجا که منابع تأمین شده برای استارتاپ، متفقا به نسبت ۲ به ۱ از سوی صندوق نوآوری و شکوفایی تأمین شده است، لذا سهام دریافت شده از استارت‌آپ نیز با همین نسبت متعلق به صندوق خواهد بود.
نحوه همکاری در این مدل کاملاً مبتنی بر شراکت واقعی بود و صندوق در سود و زیان فعالیت شتابدهنده طی دوره‌ی مشخص شده در قرارداد شریک است و هیچ تعهدی از بابت سود دهی سرمایه گذاری یا حتی بازگشت اصل پول تخصیص داده شده از سوی شتابدهنده به صندوق داده نشده است.
صندوق تضامینی نیز از شتابدهنده دریافت می‌کند (چک یا سفته) که صرفاً در صورت تخلف شتابدهنده به آنها رجوع خواهد کرد. علاوه بر اینها صندوق نوآوری و شکوفایی، حاضر است سهام متعلق به خود را نیز با تخفیف (نسبت به قیمت مشخص شده در سرمایه گذاری مراحل بعد) به شتابدهنده یا سرمایه گذار جدید با شروطی واگذار کند.
همچنین در این مدل همکاری، پاداش عملکرد به صورت بخشی از سود و درصدی به عنوان کارمزد اداره مشارکت نیز از سوی صندوق به شتابدهنده پرداخت می‌شود.
