به گفته معاونت علمی و فناوری خدمات ارائه شده به شرکت های دانش بیان حوزه های مختلفی را در بر می گیرد. ارائه انواع خدمات و معافیت ها در حوزه مالیات و حقوق و عوارض گمرکی یکی از بسته های حمایتی پیش بینی شده برای حمایت از این شرکت ها است.
انواع معافیت های شرکتهای دانش بنیان در موضوع مالیات، حقوق و عوارض گمرکی، سود بازرگانی در حوزه‌های مختلفی تقسیم شده است. نوع خاصی از شرکتهای دانش بنیان هر سال با تایید معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری به سازمان امور مالیاتی معرفی می‌شوند تا از معافیت های تعیین شده در قانون برخوردار شوند.
همچنین شرکتهای دانش بنیان مستقر در پارک‌های علم و فناوری نیز از برخی معافیت های مالیاتی برخوردار هستند. کارکنان فعال در شرکتهای دانش‌بنیان نیز با پیگیری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از معافیت مالیاتی بهره‌مند می‌شوند.
معافیت از حقوق گمرکی، عوارض و سود بازرگانی، نوع دیگری از معافیت است که برای شرکتهای دانش بنیان در نظر گرفته شده است. همچنین این شرکتها می‌توانند در صورت تایید و برابر قانون از معافیت مالیات ۴درصد علی الحساب بر واردات برخوردار شوند.
